Os protozoários se dividem em filos. São eles:

Filo Sarcodina

Protozoários de vida livre, que se reproduzem por divisão binária e se locomovem por pseudópodes. Neste grupo estão cerca de 12 mil espécies divididas em amebas, foraminíferos, radiolários e heliozoários.

Algumas espécies de amebas são parasitas, é o caso da  Entamoeba histolytica, que parasita o intestino humano, causando disenteria amebiana ou amebíase, doença caracterizada por lesões no intestino e fortes diarréias. Existem também protozoários que têm relação de comensalismo com o homem e outros animais. Um exemplo é a Entamoeba coli, que habita o intestino de diversos animais sem causar-lhes nenhum prejuízo.

Utilizadas como indicadores na busca por poços petrolíferos, os foraminíferos apresentam uma carapaça calcária externa, formada por diversas câmaras e com inúmeras perfurações, por onde são emitidos os pseudópodes.

Os radiolários são exclusivamente marinhos e apresentam pseudópodes bem finos e projetados, como raios, ao redor da célula. Eles possuem uma estrutura de sustentação interna, composta por inúmeras placas e espículas de sílica.

Os heliozoários possuem a mesma estrutura dos radiolários, porém podem ser encontrados tanto na água doce como na salgada.

Filo Flagellata

Como o próprio nome já diz, as espécies desse filo possuem flagelos, através dos quais se locomovem e capturam alimentos. Entre cerca de 2 mil espécies de flagelados, existem algumas que são parasitas do homem. Podem se reproduzir sexuadamente ou por divisão binária.

O Leishmania brasiliensis é uma espécie de flagelado que pode causar uma doença bem conhecida, a  leishmaniose, também conhecida como úlcera de Bauru. Essa doença causa feridas na pele e nas mucosas e é transmitida pela picada de mosquitos contaminados.

A Doença de Chagas também é provocada por um flagelado, o Tripanosoma cruzi. Essa doença pode levar à morte por insuficiência cardíaca, pois provoca lesões em vários órgãos, inclusive o coração. A contaminação ocorre pela picada de percevejos (barbeiros) contaminados, que liberam os protozoários em suas fezes e, através da ferida provocada pela picada, estes penetram na corrente sanguínea humana.

A giardíase, doença que causa  fortes diarréias e lesões intestinais, e a tricomoníase, que provoca infecções na uretra e na vagina, também são doenças causadas por flagelados.

Filo Ciliophora

Paramecium caudatum

Os ciliados se locomovem e capturam alimentos através de cílios, e se reproduzem por divisão binária ou conjugação. As cerca de 6 mil espécies de ciliados são, em sua maioria, de vida livre, existindo poucos exemplares parasitas.

O Paramecium caudatum, ou simplesmente paramécio, é um ciliado que pode chegar a cinco milímetros de comprimento. É um parasita considerado gigante, comparado a outros protozoários.

Filo Sporozoa

As espécies desse filo (cerca de 5 mil) não possuem estruturas locomotoras, e  todas são parasitas de vertebrados e invertebrados. Reproduzem-se através da alternância de gerações sexuada e assexuada e da produção de esporos.

A malária é uma doença causada pelos esporozoários. É transmitida pela picada de mosquitos do gênero Anopheles contaminados por protozoários de três espécies: Plasmodium vivax, P. malariae e P. falciparum. Esta doença provoca acessos de febre em intervalos cíclicos. Segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS), cerca de 40% da população mundial, principalmente nos trópicos, convive com o risco de contrair malária.

Outra doença causada pelos esporozoários é a taxoplasmose, uma infecção causada pelo esporozoário Toxoplasma gondii, que possui como hospedeiros animais domésticos como gatos, cachorros, roedores, entre outros. Essa doença causa febre, manchas vermelhas pelo corpo e mal-estar. A contaminação pode ocorrer pela ingestão de esporos presentes em carnes cruas ou mal-passadas, ingestão de bebidas ou comidas contaminadas ou quando a mulher grávida transmite a doença ao feto.